ここは千代田区にある気象庁／特異生物部／対策課・通称【気特対】。人々の生活をおびやかすM災害に日夜、対処している課である?。
トイレでは何やら対策本部部長・久里浜?（松重豊）と課長の室町?（皆川猿時）?が明日からやってくる新人の話で盛り上っている。
気特対室でも機動班・班長灰田（高橋一生）、ベテランオペレーター山際（松尾諭）?、新人オペレーター森橋（中村靖日）らが、久々の若き女性新人の配属に話題はつきそうもない。機動班4年目である朏（尾野真千子）だけが教育担当を任され、ひとり浮かない顔である。

翌日、気象庁駐車場の気特対ワンボックスカーでは新人・藤澤さくら（?石橋杏奈?）?が?朏を待っていた。
保管されたMがいなくなったという報を受け、筑波の気象研究所へと向かうためだ。これが、これからパートナーとなる生意気そうな新人・さくらと朏の出会いであるが、二人はこれから起こる顛末に、力を合わせて立ち向かう事をまだ知らない。
他にも気特対にはさまざまな人間がいる。依頼を受け配属された数学者・案野（加藤貴子）もその一人である。
彼女は奔放な閃めきでMの実像に迫る。
今日も、新たに出現したM災害で忙しさに追われるメンバーたち。いつ訪れるかわからないM災害。
それに立ち向かうのは、少し生きるのに不器用なフツーの公務員（気特対）たち。その日常がこれから始まる・・・。